Los datos de que disponemos actualmente sobre la Historia de la Villa a través de distintos archivos, se remontan aproximadamente al siglo XII, formando parte como aldea junto a Cerbón,  Las Fuesas, Torretarrancho y Valtajeros  de la Comunidad de Villa y Tierra de Magaña, con una extensión muy pequeña, de tan solo  85,78km2, siendo precisamente ésta una de las posibles causas por las que apenas ha dejado huellas y es muy difícil precisar sus orígenes.

Posteriormente en el Censo de Floridablanca aparece como Partido, perteneciente al Señorío del Marques de San Miguel, constituido  éste, por el propio Fuentes de Magaña con el Espino.

El primer mapa de que se tiene noticia haciendo referencia a  la Villa es del año 1773, siendo los autores Tomas López, Domingo Pérez y Manuel Valer.

A Fuentes de Magaña pertenecía un despoblado medieval, del que solo conocemos de su existencia por  tradición oral, llamado  La Mora, todavía pueden verse las ruinas de una antigua iglesia.
Precisamente en los alrededores del citado despoblado existe una torre de origen  Celtíbera.

También se conserva un posible Rollo de justicia, llamado La Horca, que llama la atención por su singularidad, compuesto por dos columnas de aproximadamente dos metros de altura y separadas metro y medio entre sí, en el que también por tradición oral, se tienen noticias de varios ahorcamientos.