Fuentes  de Magaña está ubicado al Noreste de la provincia de Soria, rodeado por las sierras del Alcarama y del Rodadero.

Limita con los términos municipales de Villarraso y Pobar por el Oeste, Valtajeros al Norte, Valdeprado  y Cerbón al Este, y Magaña al Sur.

El término municipal se extiende entre los 41º93’ de latitud Norte y los 2º 17’ longitud Oeste. Dentro de la comarca de Tierras Altas.

La superficie geografica es de 1.150 hectáreas. Su altitud de 1145 metros sobre el nivel del mar.
Dista de Soria  42 Km. Accediendo a la capital por la carretera Almajano-Magaña.
Se encuentra:

• A 20 Km. de Matalebreras, que enlaza con la N-122, y en un futuro con la Autovía Madrid - Tudela. 
• A 12 Km. de San Pedro Manrique, para la personas que vengan de La Rioja. También se puede llegar por Aguilar del Río Alhama, a Valdeprado, (de la Comunidad de Navarra esta aproximadamente a unos 30Km.) 

Pertenece al valle del Ebro  y el  término esta bañado por el río Monte, que es un afluente del río Alhama.

Hay que destacar los abundantes manantiales que afloran en el término municipal, son de pequeño caudal,  pero la mayoría de ellos  tienen la particularidad de no secarse en verano.
Su clima de transición Mediterráneo posee influencia Atlántica, pero que debido a su elevada altitud presenta inviernos fríos con precipitaciones de nieve, que contrastan con veranos calurosos.
Las precipitaciones medias anuales  oscilan entre los 500 y los 800mm.
El  Cierzo es el viento predominante que proviene del norte, azota fundamentalmente en invierno. Además está el ”Gallego” que sopla  del oeste, sobre todo en primavera, el Bochorno del sur y el Solano del este , que soplan en Verano.